De gilden zijn opgeheven bij art. 53 der Staatsregeling van 1798. Krachtens de publicatie van het Uitvoerend bewind der Bataafse republiek d.d. 5 oktober 1798 werden de Utrechtse gilden door het Intermediair gemeentebestuur ontbonden op 8 oktober 1798 en vervangen door Provisioneele commissarissen, die volgens de publicatie van 5 oktober alle papieren en fondsen der gilden overnamen.

Nadat de Staatsregeling van 1801 in art. 4 bepaald had, dat de wet de noodige bepalingen zou maken over de regeling der vroeger door de gilden behandelde onderwerpen, en nadat het Reglement van bestuur voor de gemeente van 1803 in art. 38 bepaald had, dat dergelijke bepalingen zouden worden vastgesteld door het gemeentebestuur, bepaalde de publicatie van het gemeentebestuur van 14 Januari 1804, dat voortaan voor elk handelsbedrijf weder commissarissen zouden worden benoemd. Den 24en september 1804 machtigde daarop het gemeentebestuur het College van koophandel, om aan deze commissarissen de effecten der voormalige gilden terug te geven: aldus is geschied (zie inv.nr. 445 van de archieven van het stadsbestuur van Utrecht 1795-1813).

Bij Koninklijk besluit van 26 julij 1820 no 74 werd echter in art. I voorgeschreven, dat de commissarissen, onder wie zich fondsen van de voormalige gilden bevonden, binnen drie maanden aan het gemeentebestuur rekening en verantwoording zouden doen en tevens ‘alle bezittingen en eigendommen van het voormalige gilde, mitsgaders alle bewijsen van eigendom, boeken, papieren en aanteekeningen zonder onderscheid, het gewezen gilde betreffende’, ter beschikking van het gemeentebestuur zouden stellen. Ter uitvoering van dit Besluit werd den 29en september 1820 door het gemeentebestuur eene circulaire verzonden, waarbij werd verzocht ‘opgaaf (van) een korten staat van hetgeen van de gildens, ieder in den zij-ne, nog overig is’ - bepaaldelijk van de fondsen, het gebruik daarvan, de afsluiting der laatste rekening, het batig saldo en de schulden. Zooals te verwachten was, is van de voorgeschreven overdracht van alle ‘boeken, papieren en aanteekeningen zonder onderscheid’ niet veel gekomen. Wat thans van de gildenarchieven nog over is, is grootendeels door schenking en aankoop later in het bezit der gemeente gekomen.