N.B. De oorsprong van dit convent is onbekend. Reeds Buchelius, die een onderzoek blijkt te hebben ingesteld naar den oorsprong van alle Utrechtse begijnen-conventen, moest verklaren: 'Templum ac monasterium Magdalenianum a quo vel quando conditum ignoro, nisi eius fuerit autor D. Werenboldus de Boscop presbyter, primus institutor omnium conventuum tertiae regulae S. Francisci dicti de Paenitentia, intra maenia civitatis Traiectensis et extra eandem sitorum, qui obiit anno 1413 in vigilia Pentecostes.' Maar dit laatste is natuurlijk slechts eene zuivere gissing.

Het eerst wordt het gesticht vermeld in een stadbrief van 1400 ingelascht en een charter van 1419 (hierna nr. 1382) en vervolgens in eene testamentaire beschikking van 1416 *  ten behoeve der Buurkerk, waarin eene jaarlijksche uitkeering van 11 lood zilver wordt gefundeerd voor 'de bekeerde zusteren tot sinte Marien Egiptiaca bij sinte Marien Magdalenen-gasthuys t'Utrecht.' Het patronaat van St. Maria Egyptiaca was dus het oorspronkelijke; maar de nabijheid van het bovengenoemde gasthuis, dat op den noordoosthoek van de steeg, die naar het gesticht genoemd werd, gelegen was, bracht alras verwarring tusschen de twee zeer verwante vrouwelijke heiligen: zoo vinden wij dus reeds bij eene vermelding van het huis der bekeerde zusters (dat op den zuidwesthoek derzelfde steeg gelegen was) in 1438 *  gesproken van 'den besloten susterhuse van sinte Maryen Magdalen, gelegen binnen onser stat an der mueren.' Er stond dus toen onder den stadsmuur een gesticht voor lichte vrouwen, die zich tot een beter leven bekeerd hadden. De zusters waren 'besloten', hetgeen een politiemaatregel zal geweest zijn; al zou men volgens het gewone spraakgebruik willen denken aan het bestaan van eene klooster-clausuur, die echter zou strijden met de straks te vermelden verklaring der zusters zelven van 1506.

Het was nog eene wereldlijke stichting, waarin eene vrije vergadering van vrouwen gehuisvest was. Maar het ging met het huis niet te best: reeds in 1427 vernemen wij, dat 'die bekeerde susteren heimelic wechgehevaren siin ende der guede lude aelmissen, bedden ende huysraet versteken hebben'. *  En ook toen het huis nieuw bevolkt was, wilde het aanvankelijk niet gelukken de orde te handhaven: de zooeven vermelde akte van 1438 was eene raadsverordening, die nogmaals vermeldde, hoe 'der vaste veel gebrecs vallet van den bekeerden susteren, die daer incomen ende weder wtgaen'; blijkbaar kregen de bekeerlingen dus alweder berouw over hunne keuze en ontliepen het huis. Maar de raad liet zich er aan gelegen liggen, het goede doel te bevorderen; hij bepaalde daarom, dat de achtergelaten goederen der weggeloopen vrouwen aan het huis zouden vervallen, terwijl zij zelven eeuwig uit de stad verbannen zouden worden; ter wering van verleiding werd tegelijk het houden van bordeel in sinte Maryen Magdalenen-straet verboden. Men ziet dus, dat de opsluiting niet voldoende was gebleken, om het wegloopen te voorkomen; en ook 's raads maatregelen bereikten dit doel niet, want nog tweemaal, in 1445 en in 1453, moest de publicatie hernieuwd worden.

Met dat al werd de onderneming niet opgegeven. De stichting, die een zoo nuttig sociaal doel vervolgde, handhaafde zich onder het patronaat van den raad. De vrouwen hielden zich in het huis bezig met het weven van het zelfgesponnen garen, zooals het hieronder vermelde contract met het Linnenweversgild van 1446 bewijst. En allengs kwam er ook, zooals de middeleeuwen dat wenschten, eene kerkelijke wijding over het huis: sedert 1443 hooren wij van een biechtvader, sedert 1449 ook van eene kapel, die in 1465, na eene door bisschop David van Bourgondië goedgekeurde overeenkomst met de pastoors van St. Nicolaas, door een eigen priester bediend werd en ook een eigen kerkhof bezat. De kerk gaf zich toen blijkbaar ook moeite, om de goede zaak te bevorderen: in 1449 en 1451 hooren wij van eene pauselijke aflaat voor de bezoekers der kapel. Zoo werd de kerkelijke tint allengs meer geprononceerd. Eindelijk, in 1506, werd de beslissende stap gedaan: in de hieronder vermelde akte van 1506 verklaren de zusters, 'dat zy nu een professijt leven corts aengenomen hebben, welck in den huse niet gewoenlick en plach te wesen'. Toen heeft het doorgangshuis zich dus veranderd in een vrouwenklooster. Denkelijk hebben de zusters wel de derde orde van St. Franciscus aangenomen en zich aldus geschikt naar de wenschen der katholieke kerk. Bisschop Frederik van Baden keurde de transformatie eerlang goed.

Maar het kerkelijke tintje had een onverwacht en ook ongewenscht gevolg: het gesticht (dat zich nu noemde: 'sinte Marie Magdalenen-cloister, geheyten te bekeerden zusteren, bynnen Utrecht') werd fatsoenlijk. Wel getuigen de namen der zusters, die in de zooeven genoemde akte van 1506 opgesomd worden, nog luide, dat het alleen burgervrouwen waren, die hier 'in manieren hoirs capittels vergadert' waren; maar het blijkt tevens uit de akte overtuigend, dat de opneming van bekeerde publieke vrouwen, die 'navolgende 't inhout van der rechter yerster fundacie van den convent' het eigenlijke doel der stichting geweest was, sterk op den achtergrond was geraakt.

Maar op dezen dag (8 mei 1506) besloten de zusters nu, 'mit wysen rypen rade ende by haeren vryen eygen moitwille, sonder yement hem dairtoe te bedwingen', maar wel met goedvinden van hunnen pater heer Goesen Bye *  , dat zij 'voirtaen alle vrouwenpersonen, gebreeckelyck in regimente hoirs levens, die van binnen Utrecht of van binnen der vryheyt van Utrecht wonende, hem presenteren oft hem presenteert zellen worden, om in haeren convente voirseyt ontfangen te wesen, om hair leven aldair te moegen beteren, zellen ontfangen ende innemen, ende zulken personen des niett wederseggen in eeniger wijs.' En zij voegden daarbij, dat zij zelfs om 'der fundacie des huys' stipt uit te voeren, wanneer zich twee personen tegelijk zouden aanmelden 'een maicht sonder gebreke' en 'een persoen van gebrekelijken leven,' aan de persoon van gebrekelijken leven de voorkeur zouden geven, wanneer zij niet beiden konden opnemen.

Uit het besluit blijkt evenwel reeds, dat men toch ook fatsoenlijke burgermeisjes opnam en dat men aan dit gebruik ook wenschte vast te houden. En blijkbaar bleven zich ook op den duur zulke meisjes-gewis uit bijzonderen ootmoed-aanbieden. Zoo kon het gesticht allengs meer de aandacht trekken: in 1513 vergunde de paus den zusters om zich een biechtvader te kiezen uit de kloosters de Regulieren of Karthuizers; in 1519 en 1535 verleenden de zeer rechtzinnige Predikheeren- en Karmelieten-kloosters den zusters aandeel aan hunne goede werken. In 1550 werd ook eene bisschoppelijke aflaat verkregen; in denzelfden tijd wordt eene broederschap van de Zeven weeën der H. Maagd in de kapel vermeld *  , en in 1544 werd zelfs eene burgemeestersdochter Anna Knijff gekozen tot overste van het convent, dat zij 31 jaren besturen zou. * 

Het ging het gesticht toen blijkbaar goed: Buchelius roemde het als 'munditie visendum' en verhaalde, dat er tal van grafteekens van de gestorven zusters te zien waren en ook allerlei geschilderde vensters, waarvan hij er eenige, door hooge prelaten gesticht, afbeeldde. Men liet zich-blijkbaar uit nederigheid-er ook gaarne begraven: de beide ouders van Oldenbarnevelt (Gerrit van Oldenbarnevelt en Deliana van Weede, ov. 1588 en 1587) rustten er, met den bekenden rector Reinerus Sarcerius, en ook met de vrouw van den schilder Abraham Bloemaert, die (na de Hervorming) in het gesticht eene woning gekozen had. * 
De kapel van het klooster is afgebroken in 1697. * 
Het archief van het convent berustte in het archief der Oude R.C. Clerezij (Rijks-archief in Utrecht) en is na 5 juni 1928 door het Rijksarchief in bruikleen te zijn afgestaan, bij ruilovereenkomst van 11 januari 1936 in eigendom aan de gemeente overgedragen. De stad Utrecht heeft slechts de rekeningen na de Hervorming (en bij toeval ook enkele andere stukken) verkregen. Het betreft de nrs. 1375-1376, 1378-1379, 1388-1389, 1406, 1406-x, 1419.